時に西暦２０００年
南極大陸で謎の大爆発が起こった。
それにより人類の半数が失われる。
人はｋの大災害を「セカンドインパクト」と呼んだ。

そして西暦２０１５年
人類は正体不明の敵「使徒」の襲撃を受けた。
これに対し、特殊期間ＮＥＲＶ（ネルフ）は
「汎用人型決戦兵器エヴァンゲリオン」を用いて迎撃していた。

ＮＥＲＶ諜報部職員「剣崎キョウヤ」は、
第一次直上会戦で大怪我を負うものの、奇跡的に生還を遂げる。
ただし、同時に施された謎の手術のことは
本人には知らされることはなかった。

回復したキョウヤは
アメリカ第２支部と共に消失したと思われた
エヴァ四号機をＮＥＲＶに極秘に搬入する。

その後、ＭＡＧＩ（マギ）システムへハッキングが検知され、
チルドレンに脅迫文が届く。
事件の調査の過程で、
キョウヤは技術部の「加賀ヒトミ」と出会う･･････。